在《深夜航班第二季》中，一架午夜航班遭遇神秘劫持，乘客们醒来后发现身处封闭机舱，记忆缺失。主角林峰是一名心理医生，他通过碎片记忆和乘客间的互动，逐步揭开真相：原来所有人都是一起未解谋杀案的关联者，航班是幕后黑手设下的心理实验。随着调查深入，林峰发现凶手就在乘客之中，而自己也是被设计的棋子。最终，林峰通过心理博弈迫使凶手暴露，但飞机仍在天上盘旋，新的危机悄然降临。